反军攻陷陵河、临邑和商河诸多州县，在山东西南地区大肆掠夺，一时报急文书雪片般地送到了登莱巡抚孙元化那里。
此时的孙元化却很淡定，他认为自己待孔有德不薄，可以招抚这批叛军，于是他派人给孔有德送信，要他们返回登州。
孔有德呢，似乎又听话了，率军往登州而回，而孙元化往作死的路上不断深入，他下令沿途官军给叛军放行，不得阻截。
叛军一路往登州，路过莱州，莱州知府朱万成晓事，他命令紧闭城门，要叛军绕城而过。
孔有德亲自喊话道：“万成老兄，你连老弟我都信不过吗？连城门都不开，我们又冻又饿，需要补给。”
两人居然是相熟的，不是熟人不相识，朱万成嘿然道：“瑞图兄，我这里有个吊篮，你坐上来上城，我就信你，与你设酒宴陪罪！”
孔有德：“呵呵……”
朱万成：“呵呵呵……”
叛军绕城而走，朱万成心忖道：“孙初阳（孙元化的字），你可别犯糊涂了，这叛军只有首领和士兵分开，才可信任！”
所谓书生管军，整个大明朝或许只得一个王阳明以文臣行武事才是强人，其余的都是有雄心无能力，孙元化居然还是相信自己能够招抚孔有德，疏于防范。孔有德乘机让部下300余人诈降，混入登州城，与在城里的耿仲明等密谋策划，并趁夜间人们熟睡之时，里外夹攻，占领了登州城，活捉了孙元化及明守备宋光兰、分巡道王梅等官员。
城内辽东兵三万尽归孔有德，贼势大炽！
巡抚衙门，当孙元化见着孔有德，向他怒目而视，露出的那副感情深受伤害的样子，让身为恶人的孔有德也觉得不好意思，感到羞愧无比！
孔有德向孙元化劝降，说：“愿奉孙大人为首领……”
孙元化打断他的话，厉声道：“我深受国恩，岂可做这等不忠不义之事，休要再提，有死而已！”
李九成大怒道：“死到临头，安敢如此，当我等之刀不利耶？！”
孔有德挥手道：“九成兄不必动怒，来啊，请孙先生到客房歇息。”
待将孙元化押下去后，李九成不满地道：“为什么还要对他这么客气？”
孔有德说道：“孙元化不足为患，书生意气，根本不能对付我们。而他确实对我们有恩，我们不能作忘恩负义之人，不要忘了，我们做事，别人也看在眼里！”
“那你打算怎么样？”李九成问道。
“待明天再问多一次，如果他还是不肯，那就将他放了！”孔有德说道，李九成也不反对。
然后孔有德问起城内形势，耿仲明说总兵张可大坚守登州水城，已被已军围个水泄不通，尚可喜说得到城内火炮制造局的火炮，孔有德大喜，曰准备，动用火炮攻城。
他突地想起一件事，问道：“东南府火枪兵知道在哪里吗？”
耿仲明说发现他们已经逃进水城里，待明天一鼓聚歼！
孔有德放下心来，当晚，四酋舒服一下，宿于登州巡抚衙门。
夜，渐渐深了！
而东南府火枪兵，也在行动中！
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